メニューバーの編集からPreferenceを開き、保存のページでWhen saving an existing file...で『可能な場合は現在のロケールエンコーディングを使用』にチェックを入れておくか、又は、When saving an existing file...で『可能な場合は元のファイルのエンコーディングを使う』かつ When saving a new file...で『可能な場合は現在のロケールエンコーディングを使用』にチェックを入れておかなければsystem fileを修正する時に問題が生じる。私の場合、Preferenceの開くのページでEUC-JPを先頭に追加している。